首页->软件

1、BioSun

详细介绍

BioSun 是本中心自行研究与开发的分子生物学实验辅助设计的生物信息学软件系统,运行于Windows环境。其主要功能有:可视化的序列编辑、可接收多种序列格式(EMBL, GenBank和FastA)的数据库管理系统、多种方式的序列比较、多种方式的抗原表位预测、基于多种算法的RNA二级结构预测、酶切位点分析及酶切图谱制作、PCR实验辅助设计、辅助寡核苷酸微阵列的探针设计、辅助cDNA微阵列的引物设计和原核系统外源基因高效表达设计等。BioSun系统使用图形用户界面方式,可实现对图形与文本文件的灵活管理,具有操作灵活、功能多样等特点,可用于分子生物学实验辅助设计,对加快实验进程和提高实验的成功率具有较大意义。

BioSun软件目前已正式销售,详情请查看>>

 

2、RDfolder

 使用RDfolder

RDfolder是本中心与北京大学生物信息中心联合开发的预测RNA二级结构的Web服务,该工作 的相关论文发表于2004年Nucleic Acids Research的Web Server Issue中。RDfolder提供了两种预测RNA二级结构的方法,分别是螺旋区随机堆积方法和螺旋区分布方法。螺旋区随机堆积方法通过Monte Carlo模拟来预测RNA的二级结构;螺旋区分布方法 选择在一组结构中按随机堆积方法预测出现次数最多的螺旋区构成二级结构。RDfolder可通过http://rna.cbi.pku.edu.cn使用。

 
 

3、MProbe                                                                                                                                                                                                        详细介绍

 

MProbe 是本中心根据Kane关于探针敏感性和特异性的研究而开发的寡核苷酸微阵列探针设计软件。结合Kane的规则和传统探针设计的标准,我们采用Java实现这一软件。常用的探针设计标准是:(1)探针的长度在20~100个碱基范围内变化;(2)探针应该具有相近的杂交温度(Tm)和GC含量;(3)探针不应包含稳定的二级结构;(4)探针遵循Kane规则。

 

 4、pPIC9                                                                                                                                                详细介绍

pPIC9是本中心开发的pPIC9系统外源基因高效表达软件,通过同义密码子的替换,来设计基于pPIC9系统的高效表达基因,该软件同时提供在线设计版本。

   

 5、BJTEpitope                                                                                                                                        详细介绍

T细胞抗原表位预测是疫苗设计的一个重要环节。本文利用Naïve Bayes方法构建了一个T细胞抗原表位的预测模型。并编写了BJTEpitope软件进行预测。

   

6、SamCluster

详细介绍

SamCluster是本中心研究和开发的基于基因表达谱的样本分类软件。对COLON、LEUKEMIA72、LEUKEMIA38和OVARIAN四个数据集测试的结果表明,只有分别5、1、0和0个样本被错分,SamCluster具有较好的样本分类性能。

 

7、TClass

详细介绍

 TClass是本中心研究和开发的基于基因表达谱的肿瘤分类软件。通过对一个公共的结肠癌表达谱数据进行分类表明,只要3~10个基因就可以达到很高的分类精度。

 

8、Goldkey

 

Goldkey软件是本中心1993年推出的核酸和蛋白质序列分析软件。到目前为此,已推广到上百家科研院所。通过查询清华同方全文数据库,发现Goldkey软件已被引用380多次。